Предыдущий рисунок Девы Марии обнаружили используя технику инфракрасной рефлектографии. Хотя фигура оригинальной Девы была относительно четкой, под краской были только намеки на другие фигуры и детали, сообщает Лондонская национальная галерея.
Новые снимки обнаружили предыдущий дизайн Леонардо для ангела и младенца Христа. Они имеют существенные различия с тем, как они выглядят в готовой картине. В композиции, которая была нарисована первой, обе фигуры обращены выше вверх, тогда как ангел, обращенный наружу, смотрит на Христа.
До конца не понятно, почему Леонардо так существенно изменил свою первоначальную композицию. "Мадонна в скалах" была нарисована в Милане и это была вторая версия картины. Более ранняя ныне хранится в Лувре в Париже. Считается, что Леонардо продал "парижскую" версию частному клиенту, когда в Италии ему не смогли предложить щедрое вознаграждение.
Поэтому можно предположить, что художник начал работу над новой композицией, но потом передумал и воссоздал свою первоначальную картину. Возможно, после того как недоразумение с финансами было урегулировано.