Деякі звичні овочі та фрукти природно виробляють речовини, які захищають рослину від шкідників. У нормальних їстівних частинах їх зазвичай небагато, але концентрація може зростати при неправильному зберіганні або у певних частинах плоду.
Один із найвідоміших прикладів — картопля. При тривалому перебуванні на світлі бульби зеленіють, і разом із хлорофілом у них може підвищуватися рівень глікоалкалоїдів, зокрема соланіну.
Велика кількість таких речовин може спричиняти нудоту, блювання, біль у животі й неврологічні симптоми.
Особливо небажано їсти сильно позеленілу, гірку або пророслу картоплю. Вирізання лише зеленої плями не завжди гарантує, що решта бульби має низьку концентрацію глікоалкалоїдів.
Ще один приклад — кісточки абрикосів, вишень, слив і персиків. Вони містять сполуки, з яких за певних умов може утворюватися ціанід.
Випадково проковтнута ціла кісточка зазвичай проходить через травний тракт, але навмисно розгризати й їсти ядра у великих кількостях не варто.
Природні токсини є і в деяких бобових. Наприклад, сиру червону квасолю потрібно добре термічно обробляти, оскільки вона містить лектини.
Наявність таких речовин не означає, що картопля, квасоля чи кісточкові фрукти «отруйні» у звичайному раціоні. Ризик виникає тоді, коли вживають неїстівні частини, сирий продукт або їжу з явними ознаками псування.