По сравнению с версией для Windows 10 Mobile, у iOS и Android-версии Cortana существует ряд ограничений. Например, ни на одной из конкурирующих платформ Cortana не поддерживает запуск сторонних приложений или изменение настроек. iOS-версия вообще не поддерживает голосовую активацию, а на Android фраза "Hey, Cortana" срабатывает только на домашнем экране устройства. Зато, если одновременно установить Cortana на свой смартфон и компьютер с Windows 10, на компьютере начнут появляться уведомления, например, о пропущенных звонках, при этом SMS в ответ звонившему можно будет отправить прямо с компьютера.
Для Android-смартфонов, работающих на альтернативной прошивке Cyanogen, вскоре будет выпущена специальная версия Cortana с более широкими возможностями, чем на обычном Android. Например, приложение можно будет вызвать фразой "Hey, Cortana" не только с домашнего экрана, но и из любого приложения. Кроме того, с помощью голосового ассистента можно будет менять некоторые настройки, например, включать на телефоне беззвучный режим или отключать Wi-Fi.